اگر دبیرخانه در ذیل وزارت امور اقتصادی و دارایی قرار داشته باشد، زمینه‌ساز ایجاد و گسترش مشکلات و معضلات بسیار زیادی برای فعالین اقتصادی می‌شود
🔶️ به دلیل درگیری‌هایی که میان دبیرخانه شورایعالی و مجلس شورای اسلامی در ابتدای دولت گذشته اتفاق افتاد، در یک اقدام غیرکارشناسی دبیرخانه شورایعالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی به ذیل وزارت امور اقتصادی و دارایی منتقل گردید و این درحالی است مناطق آزاد کاملا در تضاد و تعارض منافع با دستگاه‌های مختلف وزارت اقتصاد می‌باشد؛ چراکه به عنوان مثال بخش سازمان امور مالیاتی همواره به دنبال مالیات‌ستانی بیشتر است و مناطق آزاد مکانی است که معافیت‌های مالیاتی را پیگیری می‌کند؛ یا گمرک که در ذیل وزارت اقتصاد تعریف شده به دنبال اخذ حقوق گمرکی است، درحالی که مناطق آزاد محلی است که از معافیت گمرکی برخوردار بوده و همواره در این خصوص بین مناطق آزاد و گمرک اختلاف‌نظر وجود دارد. در سایر بخش‌ها همچون بانک و سایر زیرمجموعه‌های وزارتخانه مزبور چنین ناهماهنگی و تعارض منافعی بین مناطق آزاد و وزارت اقتصاد وجود دارد. در نتیجه موضوع مورد بحث، مانع کارکرد و عملکرد درست وظایف مناطق آزاد می‌شود.
🔶️برای اینکه سازمان‌های مناطق آزاد قادر به حضور و اعمال حاکمیت قانونی موثر و اثرگذار در مدیریت مناطق آزاد گردند، الزاما اجرای ماده۶۵ قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کشور لازم است که این دبیرخانه را تقویت می‌کند که از امکان اعمال حکمرانی واحد و متمرکز در مناطق آزاد برخوردار باشد. در عین حال امکان فعالیت مناطق آزاد و دبیرخانه ذیل هیچ وزارتخانه‌ای وجود ندارد و مناطق آزاد باید مستقل باشند و به یک معاونت در زیرمجموعه ریاست محترم جمهوری تبدیل شوند.
🔶️ دبیر شورایعالی نیز باید به عضویت در کابینه دولت درآید تا در سطح وزرا قادر به پیگیری موضوعات مناطق آزاد باشد و مسائل تولیدکنندگان، سرمایه‌گذاران و فعالان اقتصادی را که امروزه در حدود ۲۵۰۰واحد صنعتی و تولیدی شده‌اند را بتواند در سطح بالایی پیگیری و حل و فصل نماید. اما در حال حاضر جایگاه دبیرخانه در سطح بسیار ضعیفی است و در نهایت باید تاکید کرد اگر دبیرخانه در ذیل وزارت امور اقتصادی و دارایی قرار داشته باشد، زمینه‌ساز ایجاد و گسترش مشکلات و معضلات بسیار زیادی برای فعالین اقتصادی می‌شود.
